Počeci CCI-a vežu se za rad drugih međunarodnih organizacija u Bosni i Herecegovini koje se globalno identificiraju uz pojmove demokratizacije, nadgledanja izbornog procesa, jačanja trećeg sektora, kao što su National Democratic Institute (NDI), International Foundation for Electoral Systems (IFES), itd. Osnivačko jezgro CCI-a poteklo je upravo iz međunarodnih organizacija, gdje su vođeni višegodišnjim iskustvom, tokom 1998. i 1999. godine, domaći civilni aktivisti odlučili formirati prvu veliku, u pravom smislu, bosanskohercegovačku nevladinu organizaciju koja će u teritorijalnom i programskom smislu obuhvatiti cijelu zemlju i sve njene građane. Organizaciju koja će beskompromisno i aktivno zagovarati zaštitu ljudskih prava, sloboda, tolerancije i uvažavanja različitosti, odgovorno i transparentno upravljanje državom, odgovornu i participatornu ulogu građana u donošenju odluka, kao i uspostavljanje mehanizama za rast i razvoj domaćeg nevladinog sektora.

Već u ranim danima, CCI se lagano profilira u ono kako Edward Shils, jedan od najpoznatijih teoretičara civilnog društva, opisuje funkciju organizacija civilnog društva, a to je da se brinu za interese cijelog društva i staraju za zajedničko dobro.